L'espèce humaine a perdu le contrôle des mers du monde entier face à une mystérieuse organisation nommée "?Deep Sea Fleet". La seule riposte possible pour l'humanité réside dans l'utilisation des "?Kan-Musume", des filles qui possèdent les esprits d'anciens navires de guerre...
Ces "Kan-Musume" sont réunies à la base de Chinjufu où elles doivent vivre ensemble, travailler et suivre une formation. C'est en ces lieux qu'arrive Fubuki, une jeune fille qui a en elle l'esprit d'un navire de type destroyer.
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