Le jeu se déroule environ 20 ans après les événements de son prédécesseur "Atelier Judie: The Alchemist of Gramnad", et donc environ un an après la fin de Atelier Elie.
Sur une péninsule au sud-ouest du continent Gramnad, se trouve le royaume de Kanalland. Ici, il y a un petit village sous-peuplé du nom de Karotte Village. La principale protagoniste, Viorate, y vit avec sa famille, bien que ses parents quittent le village. Viorate, cependant, refuse de partir.
Après un rêve, le jeu commence avec Viorate réveillée par son frère Bartholomaus. Ce dernier lui dit qu'aujourd'hui est le jour où leurs parents partiront. Viorate est très confiante quant à son idée d'ouvrir une boutique en ville, même si son père ne soutient pas son idée. Leurs parents reviendront dans trois ans et verront comment vont les frères et sœurs. Jusque-là, Viorate devra prouver qu'elle peut gérer sa propre boutique.
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