Ce jeu prend place 100 ans après Thunder Force, et directement après Thunder Force II.
Malgré leur victoire récente, la Fédération Galactique est encore en situation délicate dans leur lutte contre l'empire ORN. Ce dernier a camouflé ses bases et construit un système de défense appelé Cerberus qui peut décimer des flottes entières.
En conséquence, un vaisseau appelé FIRE LEO-03 Styx est construit, petit mais avec la puissance de feu d'un grand vaisseau. Sa mission est de détruire les bases camouflées et infiltrer la base ennemie, jusqu'à son empereur, "Cha Os".
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