Se déroulant quatre ans après Star Soldier, les premiers envahisseurs galactiques connus sous le nom de Star Brain corps sont revenus de leur défaite écrasante face au Cesear star fighter et ils sont maintenant dirigés par le vaisseau spatial ultime, Mother Brain. La seule défense de la Terre réside dans le chasseur vedette Neo Cesear pour terminer ce qui a été commencé.
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