L'histoire de Yoshi's Island se déroule comme ceci: Une cigogne traverse le ciel afin de livrer deux nourrissons à leurs heureux parents qui les attendent avec fébrilité. Soudain, tandis que la cigogne survole un océan, elle est heurtée de plein fouet par un sorcier sur son balai qui dérobe l'un des paquets au passage. Le second quant à lui est perdu par la cigogne.
Le sorcier se nomme Kamek, chef des Magikoopa. Ses dons de divination lui ont fait comprendre que deux nourrissons, bébé Mario et bébé Luigi, seraient bientôt de grandes menaces pour les Koopas et leur maître Bowser (qui est lui aussi un bébé). Il décida donc de les capturer (et la cigogne avec). Il n'a finalement récupéré qu'un seul baluchon, celui de bébé Luigi. Il envoie donc ses sbires capturer son frère, bébé Mario.
Ce dernier, Mario, échoue sur l'île des Yoshis et est retrouvé par un Yoshi vert. Avec le bébé se trouve la carte de la cigogne. Les Yoshis décident d'effectuer une sorte de relais à travers leur île afin d'atteindre le monde sombre de Bowser et retrouver bébé Luigi. Ce qu'ils ne savent pas, c'est que les sbires sont déjà sur leurs traces…
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