En attaquant un cuirassé ennemi, le déroulement de la mission suit un couloir, à l'image des niveaux de Star Wing, et se termine par la destruction du réacteur du vaisseau.
En partant à la rencontre de groupes d'ennemis ou de membres de l'équipe Star Wolf, il faut détruire tous les adversaires avant qu'ils ne s'échappent, dans une phase en 3D libre.
En se dirigeant vers une planète, il faut y détruire une base d'Andross. La partie extérieure demande de déverrouiller les accès à la base ; et à l'intérieur de cette dernière, il faut détruire un générateur. Cette phase de jeu au sol en 3D libre permet de passer en mode Walker : les ailes de l'Arwing se replient et deviennent des pattes, permettant de se déplacer à vitesse plus réduite et plus librement qu'en Arwing.
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