Le jeu donne au joueur le commandement d'un sous-marin allemand pendant la deuxième bataille de l'Atlantique. Le jeu propose des missions solo et multijoueur. En plus de certaines missions solo distinctes, elles se présentent également sous forme de chaîne sur le thème des « points forts du sous-marin », permettant au joueur de revivre des aventures aussi connues que le naufrage du HMS Avenger sous le nom de U-155, la récupération du Journal de guerre du cuirassé allemand Bismarck et de l'opération Drumbeat contre la navigation américaine.
Le vétéran allemand de la Seconde Guerre mondiale et sous-commandant Erich Topp était l'un des conseillers techniques du jeu et une série d'entretiens avec lui apparaît dans le jeu.
Silent Hunter II a été développé avec le support multijoueur comme fonctionnalité notable, ce qui permettait de s'affronter entre sous-martin De plus, la connectivité au jeu séparé Destroyer Command était disponible, ce qui permettait le combat contre des navires de surface.
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