L'histoire du jeu tourne autour d'une jeune « demi-génie » prénommée Shantae. Nommée génie gardienne d'une petite ville de pêcheurs, la vie de Shantae est plutôt calme. Cela change dès le début du jeu lorsqu'une bande de pirates, conduite par la sinistre Risky Boots, attaque la ville et vole un prototype de moteur à vapeur chez le chasseur de trésors local, Mimic.
Shantae se retrouve rapidement à voyager à travers Sequin Land, déterminée à retrouver le moteur à vapeur et anéantir le plan maléfique de Risky.
Liste de jeux aléatoires dans le genre Plates-Formes ou Action sur Nintendo 3DS
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