Le jeune Ninja se bat avec son fidèle chien de compagnie. Au centre de la ville, un groupe de terroristes commettent des hommes connus, notamment en plantant des bombes à retardement dans toute la métropole. Notre jeune héros et son compagnon canin ont courageusement entrepris de rassembler tous les explosifs placés par le gang maléfique et d'anéantir le syndicat qui les manipule.
Dans la version Master System, le personnage principal est nommé Takeshi dans le manuel et Fuma dans la séquence d'introduction (aucune relation avec Joe Musashi n'est mentionnée dans les deux cas) est chargé d'empêcher une organisation terroriste (nommée 'Asian Dawn' dans le manuel) de prendre contrôle d'un système d'armes spatiales orbitales.
Au moment de la sortie, Shadow Dancer n'était pas strictement affilié à Shinobi en termes d'intrigue, bien que la configuration soit très similaire au jeu d'arcade original. Le nom des personnages varie selon les versions salon du titre, tout comme leurs motivations.
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