Le jeu s'ouvre avec le didacticiel, dans lequel Prinny rencontre pour la première fois le Phantom Thief, un voleur légendaire du Netherworld qui vole des objets rares, bien que Prinny ne sache pas encore qui il est. Lorsque la Prinny Squad entre dans le château de l'Etna, elle les informe que ses culottes ont été volées et oblige la Prinny Squad à les rechercher avant le lever du soleil, sinon elle les transformera en culotte. Une note laissée par le voleur fantôme indique aux Prinnies qu'il a volé la culotte, alors l'équipe part à la recherche d'un objet rare pour l'attirer.
Dans l'histoire bonus "Asagi Wars : La vengeance d'Asagi", Prinny, Asagi et Flonne regardent la télévision, lorsqu'une promo pour un nouveau tournoi appelé Asagi Wars apparaît. Divers sosies d'Asagi sont inscrits au tournoi, mais Prinny Asagi, bien qu'il soit le véritable Asagi, n'a pas été invité au tournoi. Lorsqu'elle entend que « l'ingérence extérieure est encouragée », Asagi sort pour se venger de ses sosies.
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