Les jeux se déroulent dans la région fictive de Johto, introduisent 100 nouvelles espèces de Pokémon et suivent un nouveau personnage dont le nom est choisi par le joueur dans sa quête de devenir Maître Pokémon. Les deux jeux sont indépendants mais gardent en grande partie la même intrigue. Si les deux versions se jouent séparément il est nécessaire de procéder à des échanges entre elles et avec les versions précédentes compatible pour compléter le Pokédex.
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