L'histoire du jeu se déroule en 2029, soit 10 ans avant les événements de Guilty Crown (la série animé).
Le jeu débute sur des scènes de l'événement "Lost Christmas", régulièrement évoqué dans Guilty Crown, mais jamais expliqué en détails. Les héros du jeu sont directement impliqués dans cet événements. Le jeu relate donc ce qui s'est passé avant et pendant Lost Christmas.
Le personnage principal est Scrooge, un homme mystérieux et plutôt taciturne qui fuit les contacts physique avec les gens. En effet, ancien sujet de laboratoire, son corps a été entièrement remodelé génétiquement. Grâce aux pouvoirs qu'il a acquis, il est parvenu à s'échapper, mais est désormais poursuivit.
Au cours de sa fuite, il fera la rencontre de Carol, elle aussi victime du laboratoire. Ensemble, ils continuent de fuir les êtres lancés à leur poursuite, utilisant parfois le Void de Carol, une arme gigantesque que Scrooge sort de son corps grâce à sa main droite.
Durant le jeu, des personnages de l'anime Guilty Crown seront présents, expliquant par la même occasion leur implication dans l'événement de Lost Christmas. Il s'agit des personnages suivant : Ouma Kurosu, Ouma Mana, Ouma Shû, Tsutsugami Gai, Ouma Haruka, Keido Shuichiro et Yuu (annoncés sur le site officiel).
A noter également la présence de deux autres personnages : Past (Passé), une sorte de mecha, et Present, une jeune fille semblant posséder des pouvoirs similaires à ceux de Scrooge. Le site officiel annonce également la présence d'un personnage mystère à découvrir au fil du jeu.
Lors de la sortie du jeu au Japon, une version collector était également disponible. Étaient également disponible un DVD contenant un OAV avec Scrooge et Carol, ainsi qu'un petit artbook.
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