Wolfgang Krauser a été vaincu par Terry lors de la finale du dernier King of Fighters. Notre héros rentre à Southtown et voit une rutilante Bentley aux vitres fumées arpenter les rues. Il ne se doute pas qu'il s'agit de Billy Kane, conduisant son patron, Geese Howard. Ce dernier a survécu à ses blessures, préférant se faire passer pour mort. Il est désormais rétabli et a repris ses affaires à Southtown.
Pendant ce temps à Hong-Kong, un mystérieux individu du nom de Ryuji Yamazaki est chargé de retrouver les parchemins sacrés de Qin, vieux de plus de 2000 ans. Il est dit que seul l'être humain le plus fort du monde peut les posséder. Ces parchemins ont été vus à Southtown et justement un nouveau King of Fighters y est organisé par Geese...
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