Minus, Elmyra et Cortex

Pinky et le cerveau, ces deux souris de laboratoire génétiquement modifiées, sont sans abri maintenant que Acme Labs n'est plus. Et les souris ont besoin d'un endroit pour se cacher car une organisation secrète veut appréhender Brain. En se cachant dans une animalerie, les souris ont fini par être achetées par Elmyra Duff. Maintenant, les souris sont obligées d'opérer depuis la maison d'Elmyra et endurent ses manières tordues de prendre soin des animaux. Malgré toutes ces nouvelles complications, Pinky et le cerveau continuent d'essayer de conquérir le monde.