Kisaragi Honey est une jeune fille qui vient d'avoir 16 ans et qui étudie dans un lycée où elle est très populaire auprès de ses camarades. L'histoire commence le jour de son anniversaire et elle a rendez-vous avec son père. Malheureusement, ce dernier essaie d'échapper à une bande d'individus masqués qui ont pour chef une créature inhumaine. Avec l'aide d'Hayami Reiji, un détective privé, Honey et son père parviennent à s'échapper un moment. Mais les deux hommes sont quand-même capturés et laissent Honey dans un grand état de désolation. Elle découvre les ruines de sa maison, il ne reste plus rien de ses souvenirs. C'est alors qu'apparaît sur les lieux un étrange personnage qui se présente comme un collaborateur du Professeur Kisaragi. Il lui donne une bague et un collier, qui vont lui permettre de réveiller en elle les pouvoirs qui l'attendent, les pouvoirs de son amour : Honey est prête pour se transformer en Cutie Honey et à lutter contre les ravisseurs de son père, la bande des Panther Claw !
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