Le gameplay a très peu changé par rapport aux jeux précédents. Le joueur contrôle le personnage principal d'une vue aérienne, les contrôles étant en grande partie les mêmes que dans les jeux précédents. Comme dans les jeux précédents, les principaux objectifs sont d'attraper tous les Pokémon du jeu, de gagner la ligue Pokémon et d'être le plus fort dresseur de (Hoenn). Comme ses prédécesseurs, le jeu propose de lutter contre une organisation criminelle qui veut prendre le pouvoir sur la région. Pokémon Rubis et Saphir présentent tout de même son lot de nouveautés, comme les combats en double ou de nouvelles capacités. Étant donné que la Game Boy Advance est plus puissante que la Game Boy et la Game Boy Color, quatre joueurs peuvent être connectés ensemble, au lieu de deux auparavant. De plus, les jeux peuvent être reliés à un e-Reader ou à d'autres jeux Pokémon de la génération Advance.
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